Nasceu em Lagos, no Algarve, um pouco depois de 1370.
Tomou o hábito de Santo Agostinho no convento da Graça, em Lisboa, onde vinha pôr mais a salvo os seus vinte anos de virtude e pureza, quase de anjo, e já vitoriosa de repetidos assaltos.
Cerca de 1380 abraçou a vida religiosa.
Dedicou-se à pregação em correrias apostólicas e, com o mesmo zelo a manter a observância regular, quando superior dalguns mosteiros da sua Ordem.
Entre 1394 e 1396 Frei Gonçalo teria sido Prior do Convento de S. Lourenço, na Lourinhã. Em Maio de 1404 Frei Gonçalo de Lagos era prior do Convento de Nossa Senhora da Graça de Lisboa.
Testemunha-o um documento, aliás único, contemporâneo de Gonçalo, do cartório daquele convento. Para além deste documento, as escassas informações que possuímos acerca de Frei Gonçalo de Lagos, resultam das diversas representações biográficas, legadas e repetidas pelas diversas hagiografias e crónicas, redigidas entre os séculos XVI e XVIII. Não sabemos, porém, desde quando se encontrava no exercício da função.
Em 1408 inicia um priorado no convento dos agostinhos de Santarém e, a partir de 1412, o priorado do convento de Nossa Senhora da Graça de Torres Vedras, cargo que ocupará até à sua morte, fixada em 15 de Outubro de 1422.
Ali ficou o seu jazigo, tomando-o a vila de Torres Vedras por seu padroeiro., depois de beatificado por Pio VI, em 1798. Mas, em Portugal, é-lhe atribuído o culto de santo. Ao que parece, a escolha que fez Torres Vedras do seu padroeiro deve-se à carta que D. João II, encontrando-se no Algarve em 1495, escreveu à Câmara da referida vila, exaltando a memória de Frei Gonçalo e celebrando a felicidade que essa terra possuía conservando o seu milagroso corpo. O mesmo fez a cidade de Lagos, sua terra natal, onde os pescadores mais o invocam e experimentam a sua especial protecção. A sua festa, actualmente, é a 27 de Outubro, mas os Padres Agostinhos celebram-no, em Portugal, a 21 do mesmo mês.
Quanto aos milagres promovidos por S. Gonçalo, o seu maior número recai sobre a vila e termo de Torres Vedras, sendo notório um esforço de autenticação dos mesmos, por parte do prior do Convento de Nossa Senhora da Graça, Frei Leonel, nos anos de 1489 e 1490. Um esforço necessário para ampliar uma devoção estritamente local e que representaria certamente outras pretensões, sobretudo se tivermos em conta um equilíbrio de forças perante o então recentemente fundado Convento franciscano de Santo António do Varatojo, inaugurado em 1474. Estava em causa o prestígio do Convento e da Ordem.
O mesmo acontece com as relíquias de Frei Gonçalo, uma vez que «a sua posse contribuía para o engrandecimento da pessoa ou instituição, da localidade ou do espaço regional, da pátria ou nação que detinha e agitava os seus poderes, do religioso ao social, passando pelo económico e pelo ideológico».
Frei Gonçalo de Lagos era canonizado, por autorização de Pio VI, de 27 de Maio de 1778.
Em Torres Vedras, a sua memória seria lembrada apenas em celebrações religiosas, uma vez que o seu culto não foi objecto de projecção da identidade local.